В Червената книга са вписани 2 кръглоусти и 22 костни риби.
Част от застрашените от изчезване риби са:

Деветиглена бодливка

Деветиглената бодливка е много дребна риба, достига 5 см дължина на тялото. На гърба има 7-12, най-често 9 бодила (преобразувана част от гръбната перка), несвързани, насочени в различни посоки зигзагообразно. Гръдните перки са относително къси и закръглени. Обитава слаботечащи или стоящи води. Слабо подвижна, но проявява активност сутрин и привечер.

Дунавска минога

Дунавската минога е вид Минога от клас Безчелюстни, разред Миноги. Представителите на този клас са най-примитивните гръбначни в европейската фауна.
Основната част от популацията на вида предпочита бистри и чисти води, като разпределението на индивидите в речното течение зависи от наличието и изобилието на подходяща храна. ларвите живеят заровени в тинята на дъното.

Михалца

Михалцата е единственият представител от семейството на Треските, обитаващ сладки води. Тя е студенолюбива риба, проявяваща активност при температура на водата, не по-висока от 10 градуса, и по тази причина през лятото е практически невъзможно да бъде уловена.